Η “Μικρογραφική Ζωφόρος” διακοσμούσε την ανώτερη ζώνη του δωματίου 5, εκτεινόμενη και στους τέσσερις τοίχους. Η σύνθεση θεωρείται ότι αντιπροσωπεύει ένα μακροχρόνιο υπερπόντιο(;) ταξίδι του Θηραϊκού στόλου. Το ταξίδι φαίνεται να αρχίζει σε μια πόλη, ενδεχομένως το Ακρωτήρι. Δυστυχώς διασώθηκαν πολύ λίγα τμήματα της Ζωφόρου. Άλλα τέσσερα μεσογειακά λιμάνια παρουσιάζονται ευδιάκριτα στη Ζωφόρο, υποθέτοντας ότι αυτά είναι τα λιμάνια που επισκέφθηκε ο Θηραϊκός στόλος ή ο στόλος του Μίνωα, κατά τη διάρκεια της αποστολής του. Η “Μικρογραφική Ζωφόρος” διαμορφώνει την πληρέστερη σε συλλογή πληροφοριών, απεικόνιση παραλιακών οικισμών κατά τη διάρκεια της Εποχής του Χαλκού. Παρέχει στους αρχαιολόγους και τους ιστορικούς έναν πλούτο πληροφοριών για τα λιμάνια και τα σχέδια σκαφών της περιόδου. Έχουν φιλοτεχνηθεί κατά βάση με την τεχνική της νωπογραφίας (buon fresco), μινωική εφεύρεση, δηλαδή η απόδοση του έργου γινόταν πάνω στο νωπό ακόμα ασβεστολιθικό κονίαμα. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα τα χρώματά τους να παραμένουν ανεξίτηλα.
