Ανετράφη από τον μητροπολίτη Τραπεζούντας Δοσίθεο και στη συνέχεια σπούδασε σε Κωνσταντινούπολη και Σηλυβρία, όπου διδάχτηκε τη ρητορική και φιλοσοφία από τον εκεί μητροπολίτη. Τελευταίος και πιο σημαντικός του δάσκαλός του ο Γεώργιος Γεμιστός ή Πλήθων, ο επιφανέστερος φιλόλογος και φιλόσοφος του 15ου αιώνα, μετέβη εκεί το 1427. Κοντά του διδάχτηκε φιλοσοφία, μαθηματικά και όλες της επιστήμες της εποχής. Ήταν homo Universalis, ο ιδανικός άνθρωπος της αναγέννησης που είχε πολυμάθεια και ήταν πολυσχιδής προσωπικότητα. Το 1423 χειροτονείται μοναχός και παίρνει το όνομα Βησσαρίων. Το 1436 σαν μητροπολίτης Νικαίας συμμετέχει στην σύνοδο Φεράρας-Φλωρεντίας.
Πολύ γρήγορα η φήμη έφτασε στην αυτοκρατορική αυλή και τον κάλεσε στην Πόλη ο Ιωάννης Παλαιολόγος. Ο προτελευταίος αυτοκράτορες είχε πιστέψει
ότι η μόνη σωτηρία του Βυζαντίου ήταν η ένωση των δυο εκκλησιών. Στο πρόσωπο του Βησσαρίωνα είδε τον ιδανικό άνθρωπο που θα μπορούσε να το καταφέρει αυτό.
Στη σύνοδο Φεράρας – Φλωρεντίας, όπου έγινε μια προσπάθεια για την ένωση των δυο εκκλησιών, ξεχώρισε η παρουσία του Βησσαρίωνα που ήταν ένθερμος οπαδός της ένωσης, δέχτηκε το filioque και το «καθαρτήριο πυρ».
Η ψευδοένωση δεν έγινε αποδεκτή από τους Έλληνες και ο Βησσαρίων δεν είχε πια καμιά θέση στο Βυζάντιο και αναγκάστηκε να φύγει για πάντα το 1440.
Στην πιο κρίσιμη στιγμή της ιστορίας διχάστηκαν σε ενωτικούς και ανθενωτικούς και προτίμησαν το σουλτανικό φέσι από την παπική τιάρα.
Εργάστηκε σε όλη του τη ζωή για να εκπληρώσει δυο σκοπούς, πρώτον να διοργανώσει μια σταυροφορία και να απελευθερώσει την πατρίδα του από τους Τούρκους και δεύτερον να διασώσει τα ελληνικά γράμματα και τα χειρόγραφα και να επιτύχει την αναγέννηση του ελληνικού πνεύματος και της ελληνικής παιδείας. Για την επίτευξη του πρώτου στόχου εργάστηκε πολύ σκληρά σαν παπικός λεγάτος προσπαθώντας να κινητοποιήσει βασιλείς και αυτοκράτορες της χριστιανικής Ευρώπης, αλλά τελικά δεν τα κατάφερε.
Τον δεύτερο στόχο όμως τον πέτυχε. Η αναγέννηση της Ευρώπης οφείλεται και στις δικές του άοκνες προσπάθειες. Διαμόρφωσε τον λεγόμενο πλατωνικό ανθρωπισμό και απέφευγε τις ακρότητες των πλατωνικών και αριστοτελικών και καλλιέργησε μια κριτική ερμηνεία στα έργα των μεγάλων Ελλήνων.
Σαν πνευματική προσωπικότητα ήταν πολύ μεγάλος. Στο πρόσωπό του συγχωνεύτηκαν το ελληνικό και λατινικό πνεύμα και από αυτό προέκυψε η αναγέννηση. Το τεράστιο πνευματικό έργο που άφησε πίσω του αξιοποιήθηκε πολύ περισσότερο στα πανεπιστήμια της Δύσης, στον ορθόδοξο κόσμο υπήρχε μια προκατάληψη λόγω των θρησκευτικών του επιλογών.
Το παράξενο είναι ότι ακόμα και Ιταλοί βιογράφοι του υποστηρίζουν ότι κατά βάθος παρέμεινε ορθόδοξος Έλληνας και τον παρομοιάζουν με τους Εβραίους που για λόγους σκοπιμότητας γίνονται χριστιανοί, αλλά στο τέλος της ζωής τους επανέρχονται στον Ιουδαϊσμό.
Η προσφορά του στη διάσωση κωδίκων υπήρξε τεράστια. Αντιγράφτηκαν με την επίβλεψή του εκατοντάδες χειρόγραφα, τα οποία έφταναν στα χέρια του από τα μοναστήρια της Ανατολής.
Την πλούσια βιβλιοθήκη του δώρισε στην Μαρκιανή βιβλιοθήκη, με τον όρο να αποδοθούν στην Ελλάδα, όταν θα απελευθερωθεί από τους Τούρκους.
Η χρηματική αξία της βιβλιοθήκης ήταν τεράστια, ένα εκατομμύριο χρυσά φράγκα της εποχής, ποσό μυθικό για την εποχή εκείνη. Περιλάμβανε 746 κώδικες, ανάμεσά τους 482 ελληνικοί. Ό,τι δεν μπορούσε να αποκτήσει, το αντέγραφε.