Μετά την πρώτη δοκιμαστική τομή του 1992, η επιλογή του πλατώματος Κούκονος για τη διενέργεια συστηματικής πλέον έρευνας αποφασίσθηκε με γνώμονα αφενός την εκεί πυκνότητα επιφανειακών προϊστορικών ευρημάτων διαφόρων εποχών (κεραμική, σφονδύλια, λίθινα και οστέινα εργαλεία, μυλόπετρες κ.ά.) και, αφετέρου, τη βάσιμη πεποίθηση ότι ολόκληρο το πλάτωμα –το υψηλότερο της νησίδας– δημιουργήθηκε τεχνητά από τη συνεχή, σχεδόν δισχιλιετή, κατοίκηση του χώρου, με επάλληλες οικιστικές φάσεις. Σκόρπιο οικοδομικό υλικό από την άροση των αγροτεμαχίων ερχόταν ως πρόσθετη ένδειξη για μια πολλά υποσχόμενη ανασκαφή στον Κούκονο. Και, πράγματι, οι προσδοκίες μας επιβεβαιώθηκαν ήδη με την έρευνα του 1994.
Οι επάλληλες οικιστικές φάσεις που έρχονται στο φως, η εξαίρετη διατήρηση των οικοδομικών λειψάνων (κυρίως της Μέσης Χαλκοκρατίας 2000/1900 π.Χ.-17ος αι. π.Χ.), τα κλειστά ανασκαφικά σύνολα που σφραγίσθηκαν έπειτα από σεισμούς σε διάφορους χρονικούς ορίζοντες, η αφθονία της κεραμικής (ντόπιας και εισαγμένης) καθώς και τα λογής άλλα τεχνήματα συναρθρώνουν ένα στιβαρό σύνολο πληροφοριών τόσο για τη ζωή και τις δραστηριότητες του προϊστορικού οικισμού στον Κούκονο διαχρονικά όσο και για τις διασυνδέσεις του με τους άλλους οικισμούς της Λήμνου, αλλά και για την παρουσία και τον ρόλο του σε ένα ευρύτερο αιγαιακό πλαίσιο.
Ευθύς εξαρχής έγινε αντιληπτό ότι οι ανώτερες οικιστικές φάσεις είχαν υποφέρει όχι μόνο από τη μακραίωνη άροση των αγροτεμαχίων, αλλά και από το γεγονός ότι το Κουκονήσι αποτελούσε παραδοσιακά το πρόχειρο «ανοιχτό» λατομείο που πρόσφερε ανέξοδα άφθονο οικοδομικό υλικό στους κατοίκους της περιοχής του Μούδρου για το χτίσιμο οικιών και μαντριών. Ένα τέτοιο μαντρί με μεγάλο λιθόχτιστο περίβολο και λιθεπένδυτο πηγάδι, στο μέσον περίπου του ανατολικού τμήματος της νησίδας, είναι χτισμένο αποκλειστικά από υλικά του προϊστορικού οικισμού.
Με την ανασκαφή όμως του 1994 διαπιστώσαμε και μία άλλη αιτία μερικής διατάραξης των φάσεων της αρχόμενης Ύστερης και της Μέσης Χαλκοκρατίας. Πρόκειται για τη διάνοιξη στην Τομή 2 τεθλασμένου χαρακώματος από τους Συμμάχους κατά τον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο, ο στόλος των οποίων, όπως θα δούμε παρακάτω, είχε αγκυροβολήσει στον κόλπο του Μούδρου. Μία αυλακωτή επιμήκης λαμαρίνα από τη στέγαση του χαρακώματος, πολυάριθμες φιάλες κρασιού με αναγραφή της εκάστοτε ξένης μάρκας (ορισμένες από την Ινδοκίνα), αγκράφες στρατιωτικών ζωνών, φυσίγγια, μία κατασκευή από ντόπια συμπαγή τούβλα κ.ά., που εντοπίσθηκαν όλα σε σχετικό βάθος μέσα στο χαράκωμα, ήταν οι χειροπιαστοί μάρτυρες της παραβίασης της στρωματογραφίας από την εκεί διαμονή των ξένων στρατιωτών – ένα είδος «αρχαιολογίας» της νεότερης στρατιωτικής ιστορίας.